Apesar de sua fundação como clube datar de 1960, a trajetória do Baraúnas começa em 1924. Criado como bloco carnavalesco da cidade de Mossoró, no Rio Grande do Norte, seu nome foi inspirado no cacique “Baraúnas”, líder da tribo Monxorós, que habitava a região.

Para endossar ainda mais a homenagem ao grupo indígena, os foliões mossoroenses adotaram as cores utilizadas pelos nativos para representar o grupo de Carnaval: verde, vermelho e branco. Nascia assim o Tricolor de Mossoró.

Após 36 anos de folia, uma outra paixão dos brasileiros passou a ser representada pelas cores do Baraúnas. Com a criação de um time de futebol, no dia 14 de janeiro de 1960, o Carnaval deixou de ser a principal atividade do grupo, que ganhou o nome de Associação Cultural Esporte Clube Baraúnas.

Após o fim do Carnaval de rua na cidade de Mossoró, que ocorreu na década de 80, o esporte bretão obteve prioridade no clube, ganhando força e começando a se desenvolver.

Mesmo já fazendo sucesso no Campeonato Mossoroense, onde conseguiu cinco conquistas (1961, 1962, 1963, 1967 e 1977), seu primeiro título importante, fora dos limites da cidade de Mossoró, veio em 2004, quando o clube levantou a taça da Copa RN.

No ano seguinte, a agremiação ganhou projeção nacional após fazer uma bela campanha na Copa do Brasil de 2005. O time de Mossoró surpreendeu os especialistas e chegou às quartas-de-final do torneio, desbancando América-MG, Vitória-BA e Vasco.

A segunda partida contra a equipe do Rio de Janeiro, que aconteceu no estádio São Januário, ficará marcada para sempre na história do clube. Com gols de Cícero Ramalho, Toni e Henrique, o Baraúnas derrotou o time cruzmaltino por 3 a 0 e avançou na competição.

Mas para a tristeza dos torcedores do Tricolor, na fase seguinte, a equipe de Mossoró não conseguiu superar o Cruzeiro e acabou eliminada do torneio. Porém, a base criada neste ano foi muito importante para a conquista do principal título da história do clube: o Campeonato Potiguar de 2006.

Em duas finais emocionantes, que terminaram 0 a 0, o Baraúnas levou o troféu em cima de seu maior rival, o Potiguar de Mossoró, por ter feito a melhor campanha do campeonato.

No ano seguinte a glória, o Leão do Norte repetiu o feito de 2004, ficando com a taça da Copa RN de 2007.